Vanhalinnan museonäyttelyiden ”helmi” on päärakennuksen kartanokotimuseo. Vuonna 1930 valmistuneen uusklassista tyyliä edustavan liki 900 neliömetrin suuruisen kartanorakennuksen päätiloihin on sisustettu museo, joka kuvastaa isäntäväen harrastuksia ja näkemystä 1940-50 –lukujen kartanoelämästä. Kartanon lahjoittajapariskunta Mauno ja Ester Wanhalinna ovat itse sisustaneet museon ja se on pyritty säilyttämään mahdollisimman pitkälle tässä asussa. Isäntä Mauno Wanhalinna oli asekeräilijä ja hänen sommittelemansa aseripustukset hallitsevat suurta salia. Leimaa antavan esikokonaisuuden muodostavat myös vanhan Turun yliopiston päärakennuksesta, kauppatorin laidalla Yliopistonkadulla sijainneesta Phoenix-rakennuksesta 1950-luvun lopussa tuotu esineistö. Siihen kuuluvat opettajainhuoneen rokokoo-kalusto, hallintohuoneen siipisoihtukuvioidut kalusteet sekä kartanon yläkertaan sijoitettu kanslerinhuoneen komea barokkikalusto.

Emäntien lotta-harrastus, Wäinö Aaltosen vaikutus ja monet muut yksityiskohdat saavat opaskierroksilla  ympärilleen kiinnostavia ja kiehtovia tarinoita – näistä kohokohtina tarina siitä, miten kontti selässä Vanhalinnan pakkohuutokauppaan tullut köyhännäköinen kansanmies Israel Hemberg huusi talon itselleen ja muiden vielä naureskellessa  maksoi talonhinnan käteisellä kontistaan. Näin talo tuli Wanhalinnojen suvun haltuun. Entäpä sitten tarina siitä, kun valvontakomissio tuli tutkimaan, onko talossa kätkettyjä aseita..